O Ministério Público de Mossoró desde 1991 até 23 de setembro de 2006 funcionava em um prédio improvisado na Rua Idalino de Oliveira. sendo que nessa data, ou seja 23 de setembro de 2006 passou a funcionar em sua sede própria, situada na Rua José Alencar, centro, no antigo prédio do Bandern. O imóvel foi cedido pelo Governo do Estado. A recuperação foi viabilizada por uma parceria que envolveu a administração estadual, Prefeitura de Mossoró e a Procuradoria de Justiça do Rio Grande do Norte.
A sede do Ministério Público de Mossoró tem uma área total de 500 metros quadrados, 300 metros quadrados a mais do que a anterior.
Depois de 16 anos funcionando na Rua José de Alencar, o Ministério Público de Mossoró brevemente ganhará novo endereço, tendo em vista que encontra-se em construção a nova sede do Ministério Público, no bairro Costa e Silva.